印尼一年四季气候温和，肥沃的土壤由熔岩，陆地上的矿物质和海上的火山爆发物组成的，使这里成为动植物理想的栖息之地。在世界上，印尼是陆地与海洋动植物种类最多的地方。
印尼的动植物被华莱士线分开，在巴厘岛与龙目岛之间，北部在加里曼丹和苏拉威西之间。西侧线植被和动物类型本质上属于亚洲，东侧线与澳洲类似。
不同岛屿的降雨，土壤和海拔高度，发现有不同类型的植被。在苏门达腊，加里曼丹和巴布亚这些多雨的岛屿，覆盖着广大面积的原始热带雨林。这些雨林有丰富的名贵硬木，香料的树木，以及异国风情的果树。不过随着非法砍伐和人类的进驻，大面积的森林被破坏，留下贫瘠的土地，导致洪水和腐烂。
巴厘岛东面的努沙登加拉群岛（或者曾经被称为小巽他群岛），北草原覆盖，而在其他山峰，例如距离雅加达仅100公里的格德山国家公园，可以发现雪绒花，让人联想起瑞士。
印尼被发现的动物包括爪哇的鼠鹿（或者灵鹿），苏门达腊的独角犀牛，加里曼丹的红毛猩猩，苏拉威西的Anoa（矮水牛），史前巨型蜥蜴科莫多龙以及巴布亚的天堂鸟。
那么植物呢？在印尼，你可以在明古鲁发现大王花，世界上一种巨型独特的花。
为了保护这些动植物种群，在印尼群岛设立了44个国家公园，覆盖了陆地和海洋区域，这些保护区形成了植物园和动物园，为生态旅游提供了机会。
